医学系目前是黄山职业技术学院规模最大的系部，是在有着半个世纪办学历史的黄山卫校基础上成立的，在黄山职业技术学院建设征程中扮演了重要角色。专业设置包括护理、助产、医药营销、医学影像技术、康复保健、营养与保健等专业，其中护理专业为省级重点建设专业， 2012年被确定为中央财政支持高等职业学校提升专业服务产业发展能力项目的专业。学历有三个层次，即高中起点的全日制三年制高职、初中起点的五年制高职及初中起点的三年制中专。
系部下设护理教研室、外科教研室、内科教研室、公共卫生教研室、医学基础教研室、药学教研室，拥有一批经验丰富极具活力的师资队伍，专业教师47名，其中副高级以上职称教师16名，占34％；硕士及在读硕士学历教师29名，占61.7％； “双师”型教师人数17名，占45.9%；专业带头人6名，骨干教师8名，是一支结构合理、素质优良的教师队伍。从2000年起至今护理教研室连续被评为黄山市“青年文明号”、2006年荣获市直卫生系统“巾帼文明岗”称号、2007年荣获全国“巾帼文明岗”称号、2008年3月又获全国“三八红旗先进集体”的光荣称号。学院新建现代化的实训中心，其中护理专业实训室约4200平方米，完全能够满足学生的实验与实训操作。
医学系非常重视教师教科研能力的提高，承担多项省级教改及科研项目的实施，主持专业课程的开发与教材编写。自2003年医学系教师主编、参编了教育部“技能型紧缺人才培养培训工程教材”、“面向21世纪全国卫生职业教育系列教改教材”、省部级卫生职业院校规划教材二十余部。其中三年制高职高专教材《老年病学》、《妇产科学》、《生物化学》和《解剖组胚学》（上册）被评为教育部普通高等教育“十一五”国家级规划教材及全国医药高等学校规划教材。目前，医学系有2项省级教学研究项目、 3门院级精品课程、2门院级优质课程和5项院级教学研究课题。
自成立以来，医学系在院领导的支持与相关部门的配合下，积极探讨新时期培养医学职业人才的模式与方法。以培养职业技能为核心，全面发展学生的综合素质。培养出的学生因技能过硬、综合素质强而广受用人单位欢迎。现有省内外实习医院72家。五年制高职学生就业率均达到100%，在省内同类院校名列前茅。近年来我系学生在全省职业院校护理职业技能大赛中成绩优异，并代表安徽省参加全国职业院校护理技能大赛。
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